O Coral Infantil de Setúbal foi fundado em novembro de 1979. A Comissão Fundadora foi constituída por Adriano Pereira, Agostinho Claro dos Santos, António da Costa Ferrão, Deolinda Manuel Nogueira Godinho, Dina Teresa de Oliveira Barco, José Luís Rocha Carvalho, Laura Silva de Oliveira, Laureano Rocha Lorenzo, Maria Dulce Palhota Ferreira e Maria Leonor Neves Ferrão.

Era então constituído por 50 coralistas, com idades compreendidas entre os 6 e os 14 anos e fazia-se acompanhar por uma orquestra privativa, composta por 16 elementos.

Não possuindo instalações próprias, o Coral ensaiava numa sala do Museu Etnográfico, cedida para o efeito pelo Município. Em 1982, uma época conturbada em que muitas coletividades recém-nascidas não recebiam os necessários apoios e em que se avolumava o problema das instalações, o Coral foi "despejado" da sala onde costumava ensaiar, ficando sem condições de continuar o seu trabalho. Valeu então ao Coral o auxílio da Sociedade União Setubalense, que cedeu gratuitamente uma sala, mas as condições não eram as melhores e em junho desse mesmo ano o Coral viu-se forçado a suspender totalmente as atividades.

Depois de muitas portas se terem fechado, houve uma que se abriu: a porta da "Stella-Maris", instituição que acolheu o Coral até novembro de 1993, altura em que foi inaugurada a sede social. O nome do Padre Manuel Vieira ficará, assim, para sempre ligado à história do Coral.

Em março de 1984 foram retomados os ensaios e o Coral realizou em 26 de maio desse mesmo ano o seu primeiro espetáculo depois da interrupção das atividades. Nesse mesmo dia tomaram posse os primeiros Órgãos Dirigentes com Fernando Garcia dos Santos a assumir a presidência da Direção.

A partir daqui, o Coral, com os seus 65 coralistas e a sua Orquestra de 16 músicos, fez dezenas de atuações, não só em Setúbal como em diversos pontos do país. Foi, ainda, convidado, a gravar para a televisão e, sob a direção de Carlos Alberto Moniz, gravou um disco com dois temas: "A saia da Luisinha" e "Rei D. Leão". Tratou-se de um período em que o Coral Infantil de Setúbal se afirmou como uma instituição credível no panorama cultural setubalense.

Apesar dos sucessos que foi obtendo e do crescente protagonismo que foi assumindo, em finais de 1986 o Coral viu-se de novo envolvido numa situação de crise, com a demissão de Adriano Pereira, seu fundador e maestro.

A direção artística foi, entretanto, assumida pelo Maestro Maurício Vieira da Silva que se manteve nesse cargo entre 1987 e 1992. Entretanto, em março de 1986, Raul Veloso toma posse como presidente da Direção, cargo que ocupará ao longo de dez anos. É sob a sua direção que em 8 de maio de 1988 se realiza o 1º FESTIVAL DA CANÇÃO INFANTIL DE SETÚBAL/COSTA AZUL, tendo como principal objetivo a criação e promoção de novas canções de natureza infantil. Este festival decorreu anualmente até 2001.

Em 1991 dá-se início a outra realização que se vai manter ao longo dos anos, passando a constituir uma tradição e um ponto alto das atividades de cada época. Trata-se dos ENCONTROS DE COROS INFANTIS DA CIDADE DE SETÚBAL, que no dia 8 de março de 1991 tiveram a sua primeira edição.

Em 1989 é dado um passo decisivo para se concretizar a aquisição de uma sede social para a instituição. No dia 26 de julho de 1989, em cerimónia que decorreu no Salão Nobre da Câmara Municipal de Setúbal, na presença do Senhor Presidente da Câmara, Professor Mata Cáceres, a Portucel entrega ao Coral Infantil de Setúbal, na pessoa do seu Presidente, Raul Veloso, a quantia de 11 milhões e 700 mil escudos, destinada à aquisição da sede.

Em 27 de novembro de 1993, coincidindo com o 14º Aniversário do Coral, é inaugurada pelo Professor Mata Cáceres, Presidente da Câmara Municipal de Setúbal, a sede social da instituição, na Avenida dos Combatentes da Grande Guerra. Apesar da exiguidade das instalações, a existência de uma sede própria revelar-se-á de fundamental importância para o normal funcionamento das atividades. 

Entretanto, em 1992, Jorge Salgueiro assume o cargo de Maestro dando início a uma nova fase na vida da instituição. Jorge Salgueiro apresenta um projeto próprio e ambicioso, que se sintetiza em dois grandes objetivos: A integração do Coral no contexto internacional de coros infantis, com capacidade para interpretar as grandes peças do repertório sinfónico e de câmara para coro infantil; e, a médio prazo, estimular o gosto e a prática da música clássica na cidade de Setúbal.

Com Jorge Salgueiro o Coral começa por interpretar temas acompanhados ao piano por Teresa Cabica e, mais tarde, é criada uma equipa de trabalho constituída por um Pianista (Óscar Mourão), um Professor de Formação Musical (Mário Cabica) e uma Professora de Canto (Juliana Telmo) que, com o Maestro, garantem a necessária formação dos coralistas. Esta equipa foi sendo reformulada e alguns anos depois era constituída por Paulo Tavares, Mário Cabica e Ana Cosme.

É por esta altura que se forma igualmente um Mini-Grupo, constituído por um número restrito de coralistas mais novos, que interpreta temas de Festivais da Canção Infantil e Juvenil da Costa Azul e alia a dança ao canto. A sua manutenção revelou-se difícil, dado que as exigências do Coral não deixavam muito tempo livre para esta atividade.

Em abril de 1995 é estreado o musical infantil em 1 ato "Festa da Bicharada", uma peça musical da autoria de Mário Gomes Silvério e Jorge Salgueiro. Apesar de apenas contar duas apresentações, a peça registou um grande êxito.

Em 1996 António Santos é eleito Presidente da Direção. Concretiza-se, então, a gravação do primeiro CD do Coral, sob a direção do Maestro Jorge Salgueiro. Trata-se do CD "enCANTAR" que apresenta uma vertente clássica de repertório sinfónico e uma vertente mais lúdica, com temas de filmes da Walt Disney. Este CD é lançado no Concerto Comemorativo do 18º Aniversário do Coral, em 23 de novembro de 1997, no Fórum Municipal Luísa Todi.

Afirmando-se, cada vez mais, como uma instituição fundamental no panorama cultural setubalense, o Coral é distinguido, pela Câmara Municipal de Setúbal, em 15 de setembro de 1997, com a Medalha de Honra da Cidade de Setúbal.

Em 1998 Isabel Mendes é eleita Presidente da Direção. O Coral enfrentou, entretanto, algumas dificuldades de funcionamento face à impossibilidade do Maestro Jorge Salgueiro continuar a assumir a direção do Coral. A marca decisiva que ele imprimira à atividade do Coral e a dedicação e entrega com que assumira as suas funções, tornava difícil a sua substituição e os próprios coralistas tinham muita dificuldade em aceitar a sua saída. Valeu, na altura, a disponibilidade de Paulo Tavares, pianista residente do Coral, que, conhecendo bem o tipo de trabalho, conseguiu dar continuidade às atividades. A função de pianista foi, provisoriamente, assumida por José Bom de Sousa e posteriormente por Olga Beliaeva.

Em 1999 o cargo de Maestro é assumido por Nuno Batalha, que se mantém até aos dias de hoje, formando nova equipa de trabalho, constituída por António Laertes (Piano), Célia Inês Nascimento (Técnica Vocal/Soprano) e Mário Cabica (Formação Musical/Clarinete).

O Coral consolida os objetivos traçados e aventura-se em novos projetos. Em dezembro de 1999, concretiza-se uma deslocação a Madrid e o Coral atua, com grande êxito, na Basílica de San Francisco el Grande. Em março de 2000, os coralistas acolhem em suas casas os colegas do Coro Infantil do Gabinete Coordenador de Educação Artística da Madeira que, por sua vez, os acolhem em junho. O Coral atua, então, no Funchal. Em todas as atuações é elogiada a qualidade que apresenta bem como o repertório.

O mérito do trabalho desenvolvido pelo Coral é também reconhecido a nível institucional e, em agosto de 1999, a Presidência do Conselho de Ministros atribui ao Coral Infantil de Setúbal o regime de Entidade de Utilidade Pública.

Seguro das suas capacidades para se lançar em novos projetos, o Coral sente, entretanto, a necessidade de um novo espaço que permita viabilizar o crescimento da instituição, quer em termos do número de coralistas, quer em termos da diversidade de atividades. Sensível a esta necessidade, a Câmara Municipal de Setúbal cede ao Coral o rés-do-chão de dois prédios situados na Quinta da Poupinha. Esta cedência, por um período de 50 anos, é feita em regime de comodato, cujo contrato é assinado em setembro de 2000.

Em 2002 o Coral concretiza a gravação do seu segundo CD, sob a direção do Maestro Nuno Batalha. “VOZES” é um CD composto exclusivamente por temas "a cappella" e foi gravado na Igreja de S. Sebastião.

Em 2005, o Coral Infantil de Setúbal apresenta o seu segundo musical em estreia absoluta, intitulado “Kate e o Skate”, com libreto de Risoleta Pinto Pedro e música de Jorge Salgueiro.

O Coral gravou, ainda, a coletânea de quatro CDs “Jardim de Infância” (disco de platina, em março de 2009), bem como a coletânea de CDs que acompanha os livros da disciplina de Expressão Musical e Dramática do 1º Ciclo do Ensino Básico da Região Autónoma da Madeira.

Entre novembro de 2006 e dezembro de 2007 integrou um projeto inovador de parceria com a Banda da Armada e o Grupo de Teatro o Bando, no âmbito da qual apresentou a fábula sinfónica “Projecto Tartaruga”, de Jorge Salgueiro.

Entre novembro de 2009 e novembro de 2010, concretizou um novo e ambicioso projeto, destinado a assinalar o 30º Aniversário do Coral: “Coral Infantil de Setúbal - 30 Anos, 30 Coros”, iniciativa que trouxe até Setúbal um total de 30 coros de diversos pontos do País. Para concluir este projeto, o Coral encomendou uma obra inédita, “O Poeta da Arrábida”, baseada na vida e obra de Sebastião da Gama. Para o efeito pediu a colaboração da Associação Sebastião da Gama, na pessoa do professor João Ribeiro, que fez a seleção e organização de textos do poeta. A música é da autoria de Samuel Pascoal.

O Coral sentiu, entretanto, necessidade de alargar a sua oferta, pelo que também proporciona aulas de violino aos seus coralistas, em regime facultativo.

Em 2012, Diliana Santos, uma ex coralista, integrou a equipa de professores (Técnica Vocal) ficando também com o cargo de soprano.  

Atualmente, os coralistas do Coral Infantil de Setúbal frequentam aulas de Formação Musical para além dos ensaios regulares. A Direção Artística é da responsabilidade do Maestro Nuno Batalha e colaboram também com o Coral os professores Gonçalo Simões (Piano) e Raquel Pereira (Formação Musical/Violino).